Po kilku tygodniach na Filipinach Magellan nawrócił na chrześcijaństwo aż 2200 miejscowych, w tym Rajah Humabon z Cebu i większość przywódców wysp wokół Cebu.[27] Jednak Lapulapu, przywódca Mactan, [28] sprzeciwiał się nawróceniu.[29][30] W celu zdobycia zaufania Radży Humabona[31][32] Magellan popłynął z niewielkim oddziałem do Mactan rankiem 27 kwietnia 1521 r. Podczas wynikłej bitwy z wojskami Lapulapu, Magellan został uderzony bambusową włócznią, a później otoczone i wykończone inną bronią.[33] Antonio Pigafetta i Ginés de Mafra dostarczyli pisemne dokumenty z wydarzeń, których kulminacją była śmierć Magellana: Kiedy nadszedł ranek czterdziestu dziewięciu z nas wskoczyło do wody po uda i przeszliśmy przez wodę przez ponad dwa loty z kuszy, zanim dotarliśmy do brzegu. Łodzie nie mogły podejść bliżej z powodu pewnych skał w wodzie.