Tokyo prefektur (東京都; Tōkyō-to) är en prefektur i Japan, belägen i Kanto-området på ön Honshu. Myndigheten motsvarande länsstyrelsen heter Tokyo-tocho (東京都, Tōkyō-tochō) och har sitt säte i Shinjuku.
Japans parlament, regering, högsta domstol och kejsarsäte ligger alla i Tokyo prefektur. Tokyo-to är med sina 13 miljoner invånare den folkrikaste av Japans 47 prefekturer, och centrala Tokyo är huvudort för landets mest befolkningsrika storstadsområde med nästan 36 miljoner invånare vid folkräkningen 2005. Stortokyo är världens största storstadsmetropol, både i invånarantal och köpkraft, med en BNP på 1 479 miljarder dollar i köpkraftsparitet 2008. Dagens prefektur (Tokyo-to) bildades 1943 i och med sammanslagningen av dåvarande prefekturen (Tokyo-fu) och Tokyo stad. Prefekturen Tokyos residensstad är Shinjuku. Begreppet centrala Tokyo används ofta om de 23 stadsdelskommunerna med sammanlagt 8 653 000 invånare.
Tokyo betyder bokstavligen östra huvudstaden. Tokio är en äldre stavning som fortfarande används i vissa språk.
