După câteva săptămâni petrecute în Filipine, Magellan a convertit la creștinism până la 2.200 de localnici, inclusiv Rajah Humabon din Cebu și majoritatea liderilor insulelor din jurul Cebu.[27] Cu toate acestea, Lapulapu, liderul lui Mactan,[28] a rezistat convertirii.[29][30] Pentru a câștiga încrederea lui Rajah Humabon,[31][32] Magellan a navigat spre Mactan cu o forță mică în dimineața zilei de 27 aprilie 1521. În timpul bătăliei care a rezultat împotriva trupelor lui Lapulapu, Magellan a fost lovit de o suliță de bambus, iar mai târziu înconjurat și terminat cu alte arme.[33] Antonio Pigafetta și Ginés de Mafra au furnizat documente scrise despre evenimentele care au culminat cu moartea lui Magellan: Când a venit dimineața, patruzeci și nouă dintre noi am sărit în apă până la coapse și am mers prin apă mai mult de două zboruri cu arbaletă înainte să putem ajunge la țărm.. Bărcile nu s-au putut apropia mai aproape din cauza anumitor stânci din apă.
