Chinchilla chinchilla Lichtenstein, 1829 – szynszyla krótkoogonowa
Chinchilla lanigera Bennett, 1829 – szynszyla mała.Obydwa gatunki są zaliczane przez Międzynarodową Unię Ochrony Przyrody (IUCN) do gatunków krytycznie zagrożonych na wolności.
Rodzaj Chinchilla obejmuje dwa znane współcześnie gatunki: szynszyla mała (Chinchilla lanigera), oraz szynszyla krótkoogonowa (Chinchilla chinchilla lub Chinchilla brevicaudata) określanej również jako Bolivian chinchilla, Peruvian chinchilla lub Royal chinchilla. Literatura zoologiczna na temat gatunków szynszyli jest nieuporządkowana i w przeszłości była dość skąpa, a w 1937 roku Theodor Bidlingmaier wspominał jedynie o zauważalnych różnicach morfologicznych poszczególnych kolonii i lokalizacji. Gryzonie z rodzaju Chinchilla zostały przez człowieka przetrzebione i nie można obecnie stwierdzić, czy w niedalekiej przeszłości nie istniały odrębne gatunki lub podgatunki szynszyli.
Po przeprowadzeniu porównawczych badań genetycznych osobników z kolonii żyjących w okolicach Auco, z szynszylami z rejonu Talca naukowcy stwierdzili, że różnice w budowie genetycznej między poszczególnymi populacjami żyjącymi na wolności są duże. Zdaniem badaczy forma udomowiona szynszyli jest w rzeczywistości hybrydą powstałą w wyniku krzyżowania gatunków z rodzaju Chinchilla, prawdopodobnie C. lanigera z C. chinchilla (C. brevicaudata). Wobec tego faktu, a także znacznych różnic, jakie po udomowieniu tych Chinchilla zachodzą na skutek inbredu, uzasadnione byłoby używanie odrębnego określenia dla formy szynszyli udomowionych. Mimo licznych aluzji w literaturze zoologicznej formalnie nie została przyjęta żadna odmienna forma nazewnictwa dla szynszyli hodowlanej.
W obrębie C. chinchilla wyodrębniane są dwa podgatunki:
C. chinchilla chinchilla Lichtenstein, 1829
C. chinchilla boliviana Brass, 1911W języku polskim nazwa „szynszyla” była także stosowana jest również dla wiskaczy peruwiańskiej (Lagidium peruanum), nazywanej czasem szynszylą dużą.
