Film opowiada historię czterech pingwinich komandosów – ekscentrycznego stratega Kowalskiego, specjalisty od zadań wybuchowych Rico, najmłodszego i najniższego Szeregowego oraz lidera grupy Skippera. Pingwiny stają do walki z tajną organizacją Północny Wiatr, składających się z polarnego wilka Agenta Utajnioniego, foki grenlandzkiej Detonatora, muskularnego misia Kaprala oraz puchacza śnieżnego Ewy, aby razem z nimi stawić czoła złemu doktorowi Oktawiuszowi Mackiewiczowi, który okazuje się być złą ośmiornicą Dave'em i chce zniszczyć pingwiny z całego świata.
