Het woord systeem wordt ook gebruikt voor verschillende wetenschappelijke classificatiesystemen, waarvan het Système international (het internationaal stelsel van eenheden) en het periodiek systeem het bekendst zijn.
Systeem stamt van het Griekse sustèma, dat samen-stelling of bijeen-plaatsing betekent. In de wetenschap is een systeem 'iets uit onderdelen opgebouwd': datgene waarop de aandacht van een wetenschapper zich richt. Een systeem kan iedere grootte hebben, van een subatomair deeltje tot het heelal. Enkele voorbeelden zijn:
Een atoom is een systeem dat wordt bestudeerd door de natuurkunde
Een molecuul wordt bestudeerd door de scheikunde
Het onderbewuste is een systeem bestudeerd door de psychologie
Cellen, weefsels, organen en orgaanstelsels (zoals de bloedsomloop) worden bestudeerd door de biologie (anatomie, de histologie, de fysiologie en morfologie, afhankelijk van de nadruk op de vorm of op de functie)
Organismen en populaties van een soort worden bestudeerd door de biologie (onder andere systematiek, de morfologie, de fysiologie, de genetica)
Levensgemeenschappen en ecosystemen worden bestudeerd door de biologie (ecologie)
Een stad is een systeem bestudeerd door de sociologie
Het economisch systeem wordt bestudeerd door de economie
Het binnenste van de aarde wordt bestudeerd door de geologie
De Duitse romantische dichtkunst is een systeem bestudeerd door de literatuurwetenschap
Verhalen (in onder andere de literatuur, toneel, filmkunst) worden bestudeerd door de narratologie.
Sterrenstelsels worden bestudeerd door de sterrenkunde
Het heelal wordt bestudeerd door de kosmologie.In de tweede helft van de negentiende eeuw is in de warmteleer (thermodynamica) een nadere onderverdeling in open, gesloten en geïsoleerde systemen gedefinieerd voor de studie van natuurlijke verschijnselen. Bepaalde natuurwetten, zoals de wet van behoud van energie, gaan bijvoorbeeld alleen op voor geïsoleerde systemen.
Het begrip "systeem" is van Griekse oorsprong en betekent "samenstelling".
