Hibiki en Kanade zijn twee meisjes die samen zijn opgegroeid in de stad Kanon. Ze zijn heel verschillend, maar ze delen een liefde voor muziek. Hoewel ze nog steeds beweren, blijven ze nog steeds beste vrienden. Op een dag ontmoeten ze een vrouw, Humma, die vanuit Major Land naar de aarde is gestuurd om verspreide aantekeningen van Melody of Happiness te verzamelen. Hibiki en Kanade worden Cure Melody en Cure Rhythm om aantekeningen te verzamelen en te voorkomen dat ze in handen komen van Mefist-leden van Minor Land. Om Melody of Sorrow niet te laten regelen, moeten Hibiki en Kanade in volledige harmonie handelen.