Le film raconte l'histoire de quatre commandos de manchots - un stratège excentrique, Kowalski, spécialiste des tâches explosives de Rico, le plus jeune et le plus bas Serial, et le chef du groupe Skipper. Les pingouins combattent l'organisation secrète du Vent du Nord, composée du loup polaire Agent Utajnioniego, du détonateur du phoque groenlandais, de l'ours musclé Kapral et de l'aigle Snowflake Eve, pour leur faire face au méchant docteur Oktawiusz Mackiewiczowi, qui s'avère être un mauvais poulpe Dave et veut détruire les pingouins du monde entier.
