El Municipio se encuentra dividido en cinco Consejos Populares: el de la cabecera municipal de igual nombre ; el de Guara, que es un pueblo cercano a la cabecera municipal cuya historia está muy ligada también a la de Melena del Sur; el Consejo de Mañalich, donde existió un central azucarero en el que se procesaba la caña de azúcar que fuera cosechada en toda la región y cuya principal producción (el azúcar ) era destinada para la exportación debido a su calidad de grano ; constituyó además, la principal fuente de empleo de los pobladores de Melena a lo largo de la historia hasta su desaparición. Monte-Zapote y Lechuga son los otros dos consejos populares que componen el municipio.
La fundación de Melena de Sur, data de los primeros años de la segunda mitad del siglo XVIII. En 1768 se originó su fundación en terrenos de la llanura de Güines, en el Corral « San Juan de Melena». El 14 de enero de 1878 fue creado el Ayuntamiento de Melena del Sur, y reorganizado en el año de 1899.
El Municipio se desarrolla en la llanura cársica meridional Habana-Matanzas teniendo al norte el anticlinal Bejucal-Madruga Limonar. Es un territorio predominante de llanura abrasiva desnudativa en su parte Central y lacuro pelustre en la zona litoral, no presenta afloramiento calizo de importancia detectándose únicamente pequeños bloques calcarios en superficie.
En general el municipio presenta un relieve uniforme donde no existen elevaciones que superen 15 m de altura desde el nivel del mar.
La costa de esta zona tiene una extensión de aproximadamente más de 6 kilómetros y posee características abrasevo-acumulativa con litorales bajos. En la desembocadura del Río Mayabeque se presentan playas bajas arenosas, lagunas laterales, ciénagas costeras y manglares.
