Η ταινία αφηγείται την ιστορία τεσσάρων κομάντο πιγκουίνων - του εκκεντρικού στρατηγικού Kowalski, ειδικού σε εκρηκτικά καθήκοντα Rico, του νεότερου και χαμηλότερου Serial και του ηγέτη της ομάδας Skipper. Οι πιγκουίνοι πολεμούν τη μυστική οργάνωση North Wind, που αποτελείται από τον πολικό λύκο του μυστικού πράκτορα, τη σφραγίδα της Γροιλανδίας, το μυϊκό αρκουδάκι Corporal και το αετό κουκουβάγια της Εύας, για να αντιμετωπίσει τον κακό γιατρό Octavius Mackiewicz, ο οποίος αποδεικνύεται ότι είναι το κακό χταπόδι Dave και θέλει να καταστρέψει πιγκουίνους από όλο τον κόσμο.
