Στην Ιαπωνία, το παραδοσιακό δομικό υλικό ήταν το ξύλο. Λόγω αρχαιολογικών ανακαλύψεων πρώιμων οικισμών από την περίοδο των πολιτισμών Jōmon (Sannai-Maruyama στην περιοχή Tōhoku) και Yayoi (Harunotsuji, Yoshinogari on Kyushu), καθώς και από τις ανασκαφές από τα cofuns από τις μεταγενέστερες μορφές τερακότας της Haniwa (IV-V αιώνα), κατέστη δυνατή η ανακατασκευή των παλαιότερων παραδειγμάτων αρχιτεκτονικής των Ιαπωνικών Νήσων από την περίοδο πριν από τις επιρροές των Βουδιστών, παρόμοια με τους πολιτισμούς της Νοτιοανατολικής Ασίας και της Ωκεανίας εκείνη την εποχή. Αυτές οι καλύβες, που χαρακτηρίζονται από απλότητα στο σχήμα και την κατασκευή, καθώς και τα κτίρια των αγροκτημάτων, εμφανίστηκαν ως λάκκο, πάνω από το έδαφος και σε σωρούς. Ο πρώτος τύπος ήταν ένα σκαμμένο (tateana-jūkyo) χτισμένο γύρω από έναν κύκλο, έλλειψη, ορθογώνιο ή τετράγωνο με στρογγυλεμένες γωνίες, συχνά καλυμμένο με έδαφος σαν σέλα, αχυρένια στέγη σε μορφή αχύρου, φλοιού, βούρτσας ή γρασίδι και κεντρικά τοποθετημένο ανοιχτό εστία (jiro).
Στο τέλος της περιόδου Kofun και μεγάλο μέρος της περιόδου Heian, χτισμένα σπίτια πάνω από το έδαφος (heichi-jūkyo) με ορθογώνια κάτοψη, με χωμάτινα δάπεδα, ή με πέτρινες πλάκες και εστία (irori), που έχει επιβιώσει στην ύπαιθρο έως τη σύγχρονη εποχή. Στα ξυλοπόδαρα, στήθηκαν κυρίως σιτοβολώνες (όρνιθες), των οποίων τα υπερυψωμένα δάπεδα συνδέονταν με το έδαφος, συχνά κατασκευασμένα από ένα κομμάτι ξύλου, με πολλά σκαλοπάτια.
Αυτός ο τύπος φυσικής κατασκευής έγινε πρότυπο για την αρχιτεκτονική των πρώτων ναών Shinto με το Μεγάλο Ιερό Ναό στην πρώτη γραμμή. Η ψηλή, ακατέργαστη μορφή του τονίζεται από αχυρένια σκεπή και ακραίες δοκούς που διασχίζονται στην κορυφογραμμή (chigi). Άλλοι, όπως ο Izumo Taisha, μιμούσαν το στυλ των αρχηγών της φυλής.
