Po několika týdnech na Filipínách konvertoval Magellan ke křesťanství až 2200 místních obyvatel, včetně Rajah Humabon z Cebu a většiny vůdců ostrovů kolem Cebu.[27] Nicméně Lapulapu, vůdce Mactanu,[28] se konverzi bránil.[29][30] Aby získal důvěru Rajah Humabon,[31][32] Magellan ráno 27. dubna 1521 odplul do Mactanu s malou silou. Během výsledné bitvy proti Lapulapuovým jednotkám byl Magellan zasažen bambusovým kopím a později obklíčili a dokončili s jinými zbraněmi.[33] Antonio Pigafetta a Ginés de Mafra poskytli písemné dokumenty o událostech, které vyvrcholily Magellanovou smrtí: Když přišlo ráno, skočilo nás čtyřicet devět do vody po stehna a prošli vodou více než dva lety s kuší, než jsme se dostali na břeh. Čluny se nemohly přiblížit kvůli jistým kamenům ve vodě.
