Na enkele weken in de Filippijnen had Magellan maar liefst 2.200 inwoners tot het christendom bekeerd, waaronder Rajah Humabon van Cebu en de meeste leiders van de eilanden rond Cebu.[27] Echter, Lapulapu, de leider van Mactan, [28] verzette zich tegen de bekering.[29][30] Om het vertrouwen van Rajah Humabon te winnen, [31][32] Magellan zeilde naar Mactan met een kleine kracht op de ochtend van 27 april 1521. Tijdens de resulterende strijd tegen de troepen van Lapulapu, werd Magellan getroffen door een bamboe speer, en later omsingeld en afgemaakt met andere wapens.[33] Antonio Pigafetta en Ginés de Mafra verstrekten schriftelijke documenten van de gebeurtenissen die culmineerden in de dood van Magellan: toen het ochtend werd, sprongen negenenveertig van ons in het water tot aan onze dijen en liepen we meer dan twee kruisboogvluchten door het water voordat we de kust konden bereiken. De boten konden niet dichterbij komen vanwege bepaalde rotsen in het water.
