begin - kies de puzzel om op te lossen

Een primer is een klein stukje DNA of RNA dat gebruikt wordt als startpunt van de polymerasekettingreactie (PCR, polymerase chain reaction). Er zijn steeds twee primers nodig, één voor de coding-streng en één voor de template-streng. Deze worden de forward en de reverse primer genoemd. De beste primer voor een PCR is een korte streng, waarvan de sequentie alleen overeenkomt met het stuk DNA voor het DNA-fragment (vaak een gen/exon) en na het DNA-fragment dat men wil dupliceren. Is dit namelijk niet het geval, dan zal de primer op meerdere plaatsen binden aan het DNA en dus stukken gaan dupliceren die niet gewenst zijn. Vanaf de primer wordt het DNA richting 3' gebouwd en richting 5' gekopieerd. RNA-primers spelen een belangrijke rol bij de replicatie van DNA, ze vormen hier de startpunten van de Okazaki-fragmenten in de lagging strand. De ideale primer is tussen de 18 en 22 baseparen lang, bevat 50% GC-nucleotiden en bestaat uit een willekeurig mengsel van nucleotiden. Het punt waarop de DNA-streng uit elkaar gaat (Tm) wordt het 'smeltpunt' (denaturatie) genoemd en ligt van een dergelijke primer tussen de 50 °C en 68 °C. Beide primers moeten eenzelfde smeltpunt hebben. Hoe langer de primer is des te hoger is het smeltpunt.