La Grande Barriera Corallina è abitata da pesci colorati chiamati pesci pagliaccio. Uno di loro chiamato Marlin incontra la tragedia. Il pesce predatore divora sua moglie Coral e quasi tutte le uova delle uova, da cui ogni giorno nascono giovani pagliacci da cova. Little Nemo, l'unico figlio sopravvissuto di Marlin, diventa il significato della sua vita. Ma quando il padre iperprotettivo decide di mandarlo a scuola, succede un altro disastro: il piccolo pesce pagliaccio viene pescato dall'oceano da un operatore subacqueo e va in un acquario in uno studio dentistico a Sydney. Marlin, pur soffrendo per la paura dell'oceano aperto, parte per salvare suo figlio. È accompagnato da una grande, dimentica Dora.
