A gyökér (latinul radix) a hajtásos növények – azaz a harasztok, nyitvatermők és zárvatermők – jellemzően a talajban kialakult levéltelen, szártagok nélküli része, amelynek feladata a növény rögzítése, valamint a víz- és ásványianyag-felvétel. Esetenként a gyökér mintegy a növény föld feletti szárából eredve, a talaj felé törekedve is növekedhet (léggyökér), s az sem ritka, hogy a szár a talaj alatt folytatódik (pl. rizóma). A gyökrügyből (radicula) ered. A tápanyagok koncentrációjától függően a gyökerek citokinint szintetizálnak, ami szabályozza a hajtások növekedését. A gyökerek gyakran tápanyag tárolására is szolgálnak. A legtöbb edényes növényfaj gombákkal áll szimbiotikus kapcsolatban, mikorrhizát alkotva, a gomba micéliumából kiinduló gombafonalak behálózzák a növény gyökereit, és kölcsönösen segítik egymás tápanyagokhoz jutását); ez annyira elterjedt, hogy akár azt is mondhatjuk, hogy a vizet (és szervetlen tápanyagokat) felvevő növényi szerv nem a gyökér, hanem a mikorrhiza. Egyes baktériumok is kapcsolódhatnak a gyökerekhez.
Számos növényi hormonoknak itt található a szintézishelye (pl. citokinin), valamint ún.
