Bloom vit sur Terre dans la ville de Gardenia. Un jour, il rencontre la sorcière de la planète Solaria, Stella. Bloom, sauvant la fille des monstres qui l'attaquent, découvre qu'elle a des pouvoirs magiques. Stella lui propose de l'accompagner dans la dimension magique de Magix et de commencer sa formation à l'école Alfea pour les fées. Sur place, ils rencontreront trois autres sorcières: Flora, Musa et Tecna, ainsi que des spécialistes, élèves de l'école appelée la Fontaine Rouge. Pendant leur séjour à l'école, les amis doivent affronter à plusieurs reprises le Trix, trois sorcières de l'école Cloud Tower qui recherchent le pouvoir le plus puissant de l'univers magique - la Dragon Flame.
