Un estuaire est la portion de l'embouchure d'un fleuve où l'effet de la mer ou de l' océan dans lequel il se jette est perceptible. Pour certains, il correspond à toute la portion du fleuve - semi close - où l' eau est salée ou saumâtre ; pour d’autres, c' est la présence de l’effet dynamique de la marée sur les eaux fluviales qui le définit ou encore un assemblage faunistique ou écologique typiquement "estuarien". Il est dit microtidal, mésotidal ou macrotidal respectivement selon que son amplitude de marée est faible, moyenne ou forte. Selon Pritchard (1967) par convention, on ne parle pas d'estuaires pour les fleuves qui se jettent dans des mers fermées qui n'ont pas de marée.
L’estuaire est un écotone mouvant dont les limites sont d’appréciation délicate. Elles s’apprécient généralement sur l'analyse du mouvement des masses d’ eau douces et salées, sur la base du flot principal ou moyen de la marée.
Chaque estuaire est un système physique et écologique dynamique et unique, incluant des zones humides, des méandres sans cesse remodelés par les vents et courants, des charges de matières en suspension apportées par le fleuve, et selon la nature du contexte géologique et du bassin versant, le climat, les vents et les interventions humaines historiques et contemporaines. L’estuaire est aussi le lieu où la force du fleuve est ralentie. Certains polluants s’y sédimentent préférentiellement et peuvent s’y concentrer.
Pour des besoins commerciaux, militaires, maritimes, agricoles, halieutiques ou sécuritaires, depuis des temps millénaires ou séculaires, des ports, des chenaux, des canaux, des aménagements de stabilisations, de drainage et d’assèchement, des atterrissements ou des aménagement conchylicoles ou cynégétiques en ont modifié les volumes et les profils en travers et en long.
