Il peut s'agir de plantes, d' animaux (dits prédateurs ou déprédateurs), de champignons, de bactéries ou mycoplasmes, de virus ou notamment quand il s'agit d'agents parasites, pathogènes ou phytopathogènes. Les petites créatures autrefois estimées nuisibles et grouillantes étaient familièrement appelées vermine. C' est un concept devenu sémantiquement ambigu (par exemple, un même parasite sera considéré comme nuisible s'il s'attaque à une espèce domestiquée, mais pas s'il s'attaque à une espèce sans intérêt commercial ou paysager). Ainsi, le renard a longtemps été considéré comme parmi les « nuisibles » car il mangeait les poules non enfermées, alors qu'il est aussi l'un des premiers prédateurs des souris et campagnols, dont les dégâts économiques aux cultures et à l'arboriculture peuvent être bien plus importants ( et alors que ces deux espèces-proies du renard sont elles-mêmes considérées comme nuisibles).
Ce concept semble de plus en plus désuet et source de conflits et controverses voire de dissonance cognitive depuis au moins 50 ans : « Au cœur de ces conflits se jouent tout d’abord des questions de catégorisation et de définition. Il n’ est plus d' animaux que l'on pourrait classer une bonne fois pour toutes dans la catégorie des nuisibles, du gibier ou du grand prédateur, sans que ces définitions ne donnent lieu à des débats contradictoires, ici ou ailleurs. L’émergence de définitions contre-intuitives comme celle de « nuisible utile » ou celle de « prédateur protégé » résulte de ce processus qui peut conduire à l’hybridation de catégories historiquement exclusives les unes envers les autres », notaient Manceron, & Roué du Muséum national d' histoire naturelle en 2009 dans un article intitulé « Les animaux de la discorde » Manceron, V., & Roué, M. (2009). Les animaux de la discorde. Ethnologie française, 39(1), 5-10.
