El municipio de Lagos, que abarcaba las islas de Lagos (localmente conocidas como Eko), Ikoyi y la isla Victoria, al igual que parte del territorio continental, era administrado por el LCC ( Ayuntamiento de la Ciudad de Lagos, por sus siglas en inglés), pero fue disuelto en 1976 y dividido en varias AGL (áreas de gobierno local ). El territorio más allá del municipio de Lagos, por otra parte, comprendía varios poblados y asentamientos separados tales como Mushin, Ikeja y Agege. Lagos fue la antigua capital del país hasta que en 1991 esta se trasladó a Abuya, situada en el interior del país.
La zona que ocupa la ciudad fue principalmente un campo de batalla en el que luchaban hombres del antiguo Reino de Benín, que se referían a la misma con el nombre de Eko. La etnia yoruba continúa refiriéndose a la ciudad con dicho nombre. El nombre actual de la ciudad fue otorgado por los comerciantes portugueses que fueron quienes establecieron el primer asentamiento permanente.
Con la exploración de la costa oeste de África que fue llevada a cabo por el Imperio portugués se produjo un auge del comercio de especias, marfil y esclavos y fue necesario establecer diversos puestos comerciales en el continente. Uno de estos puertos fue establecido por el conquistador Rui de Sequeira en 1472 en la isla, y recibió la denominación de lago de Curamo, que más tarde, tras una segunda expedición, se convertiría simplemente en Lagos. El nuevo asentamiento pronto se convirtió en el más importante del sur del país luso. La ciudad floreció bajo dominio portugués y en 1861 pasó a manos británicas, convirtiéndose así en un centro comercial británico en el oeste africano. Posteriormente, en 1900, Lagos fue incorporada a la colonia de Nigeria convirtiéndose además en su nueva capital.
La exportación de materias primas fue un próspero negocio colonial, pero el verdadero crecimiento de la ciudad se originaría durante las boyantes décadas de los años 1960 y 70.
