El primer estadounidense de origen europeo del que se tiene constancia que llegó al lago fue John Wesley Hillman, quien lo vio el 12 de junio de 1853, y lo llamó Deep Blue Lake ( lago Azul Intenso). El lago ha sido rebautizado al menos en tres ocasiones con los nombres de Blue Lake ( lago Azul ), Lake Majesty ( lago Majestad) y finalmente Crater Lake ( lago del Cráter).
El lago del Cráter es conocido por su famosa pieza de madera a la deriva llamada "Old Man of the Lake" ("Viejo hombre del Lago "). Se trata de un árbol de tamaño normal que había estado en posición vertical durante más de un siglo. Debido a la baja temperatura del agua, el árbol se mantuvo en relativo buen estado.
Aunque el lago no contaba con presencia de peces autóctonos, entre 1888 y 1941 fue poblado con variedad de especies, algunas de las cuales han logrado asentarse. En concreto se han identificado cuatro especies. El State Quarters conmemorativo de Oregón, acuñado por la United States Mint en 2005, muestra una imagen del lago del Cráter en su reverso.
Las dimensiones del lago son de 8 por 9,6 km de largo con una profundidad media de unos 350 metros. Su punto más profundo mide 594 metros, aunque como cualquier otro lago, estos valores varían debido al clima, particularmente debido a las lluvias. Se trata del lago más profundo de los Estados Unidos, el 2.º de Norteamérica (por detrás del gran Lago del Esclavo en Canadá ) y el 9.º del mundo. A menudo se cita como el séptimo lago más profundo del mundo, pero esa clasificación no tiene en cuenta ni el lago Vostok, situado a unos 4000 metros por debajo del hielo antártico, ni el lago O'Higgins/San Martín, entre Chile y Argentina.
Sin embargo, se trata del lago con una mayor profundidad media de todo el hemisferio occidental y el tercero del mundo. Además se trata del más profundo del mundo de entre los que se encuentran completamente sobre el nivel del mar, su cráter se eleva entre 2130 y 2440 metros y la altura media de la superficie del lago se encuentra a 1883 metros sobre el nivel del mar.
El monte Mazama, que forma parte de la cordillera de las Cascadas, se formó durante un periodo de al menos 400 000 años y está constituido principalmente por andesita, dacita y riodacita. La caldera fue creada tras una gigantesca erupción volcánica que provocó el hundimiento del monte Mazama alrededor del año 5700 a.
