Durante la época de la colonia era conocida como « Santiago de los Caballeros de Guatemala », y fue la capital de la Capitanía General de Guatemala, entre 1541 y 1776, año en que la capital fue trasladada a la ciudad de Nueva Guatemala de la Asunción luego que los terremotos de Santa Marta arruinaran la ciudad por tercera ocasión en el mismo siglo y las autoridades civiles utilizaran eso como excusa para debilitar a las autoridades eclesiásticas —siguiendo las recomendaciones de las Reformas Borbónicas emprendidas por la corona española en la segunda mitad del siglo xviii— obligando a las órdenes regulares a trasladarse de sus majestuosos conventos a frágiles estructuras temporales en la nueva ciudad.
A partir del traslado la ciudad pasó a llamarse «arruinada Guatemala », « Santiago de Guatemala antiguo » y la «antigua ciudad ». Fue abandonada por todas las autoridades reales y municipales, y en 1784 por las dos últimas parroquias: «Candelaria» y «Nuestra Señora de los Remedios», quedándose también sin autoridades eclesiásticas. Pocos años después el arzobispo Cayetano Francos y Monroy autorizó el funcionamiento de tres parroquias interinas que llevaron el nombre de sus antecesoras: «San Sebastián», «Candelaria» y «Los Remedios», en donde se guardó la mayor cantidad de obras de arte religioso que permaneció en la antigua Guatemala.
Tras la Independencia de Centroamérica en 1821 recuperó la categoría de ciudad y fue nombrada como cabecera del departamento de Sacatepéquez. Así mismo, el Estado de Guatemala estableció circuitos y distritos para la impartición de justicia por medio de juicios de jurados en 1825, y Antigua Guatemala fue asignada como sede del circuito homónimo en el Distrito N.º8 (Sacatepéquez).
La ciudad fue designada como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1979.
En el siglo xxi es un importante destino turístico guatemalteco por su bien preservada arquitectura barroca española con fachadas barrocas del Nuevo Mundo, así como un gran número de ruinas de iglesias católicas, incluso aún después de que sus estructuras fueran severamente dañadas por el abandono en que estuvieron entre 1776 y 1940 y por los terremotos de 1874, de 1917 y de 1976. También es reconocida por las solemnes procesiones de Semana Santa que se han realizado anualmente desde antes del traslado de la capital a la Nueva Guatemala. De acuerdo al censo oficial de 2003, tiene una población de 44 097 habitantes.
Muchos de los nombres de los municipios y poblados de Guatemala constan de dos partes: el nombre del santo católico que se venera el día en que fueron fundados y una descripción con raíz náhuatl; en el caso de la Noble Ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala, el nombre le fue conferido en honor a Apóstol Santiago.
Los primeros documentos históricos en que aparece escrito el nombre de Guatemala son las cartas de relación que Pedro de Alvarado envió a Hernán Cortés en 1524. En las cartas citadas, el nombre de Guatemala se escribe de la misma manera en que se hace ahora y que seguramente es la castellanización del vocablo Quauhtemalan («lugar de muchos árboles») de origen náhuatl, que era el nombre con el cual conocían a la ciudad y nación cakchiquel los auxiliares mexicanos que acompañaron a Alvarado y a Cortés.[a]
Tras los terremotos de Santa Marta que la destruyeron parcialmente en 1773 la ciudad fue abandonada por todas las autoridades reales y municipales entre 1774 y 1778 y en 1784 por las dos últimas parroquias: Candelaria y Los Remedios, quedándose también sin autoridades eclesiásticas. A partir de ese momento la ciudad empezó a llamarse la «arruinada Guatemala », « Santiago de Guatemala antiguo » y la «antigua ciudad ».
El moderno municipio de Antigua Guatemala está rodeado de municipalidades del departamento de Sacatepéquez:
Noroeste: Santo Domingo Xenacoj, Jocotenango y Pastores
Este: San Bartolomé Milpas Altas, Santa Lucía Milpas Altas, Magdalena Milpas Altas
Sureste: Santa María de Jesús
Suroeste: Ciudad Vieja
Oeste : San Antonio Aguas Calientes
Desde su fundación, la historia de la ciudad de La Antigua Guatemala está asociada con las inundaciones y los desbordamientos del río Pensativo, las que ocurren debido a la posición geográfica de la ciudad, que está situada en medio de montañas y cerros que provocan crecidas en el caudal del río cuando hay exceso de lluvia en el área. Además, inciden en dichas inundaciones lo estrecho del cauce del río y de los puentes que se han construido sobre él.
Los trabajos de limpieza de arena, piedras y troncos del fondo del canal se hacían cada año antes de que comenzaran las lluvias. Para llevar a cabo estas limpias, se utilizaban pequeñas cuadrillas de aproximadamente veinte personas por sector, siendo estos normalmente contratados por el ayuntamiento y equipados con palas, piochas y azadones. Los trabajadores limpiaban el cauce arrojando el material hacia los lados, consiguiendo únicamente que el río subiera de nivel año con año y buscara un nuevo cauce. En cada inundación, se limpiaban completamente las casas o calles azolvadas, mientras solamente se limpiaba lo suficiente del cauce del río para que este continuara fluyendo.
Excavaciones realizadas en 1997 en el extremo norte del terreno que ocupaba el Convento de Santo Domingo encontraron un lavadero de construcción colonial, enterrado a una profundidad de 0.70 m; asimismo, a 3.95 m de profundidad, exactamente bajo el puente del Matasanos, apareció una calle empedrada que estaba en dirección suroriente a norponiente. La dirección y localización de esta calle va de acuerdo al callejón del Matasanos que conduce hacia el puente del mismo nombre, y que aparece en el plano levantado en 1773 por el agrimensor José Rivera y Gálvez, en el de calles y distribución de agua del acueducto de Las Cañas de 1833 y en una pintura sobre el sistema de captación de agua del acueducto de Las Cañas, pintado en 1840.
El río Pensativo ha cambiado de curso aproximadamente cuarenta metros hacia el poniente y ha socavado parte de la última manzana en el lado sur del callejón que va desde las ruinas del convento de La Concepción hacia el puente del Matasanos. El río se metió dentro de la manzana contigua al arco del Matasanos y al arco de las Monjas, los cuales desaparecieron tras el abandono de la ciudad en 1773. Se reconstruyó únicamente el del Matasanos, posiblemente a aproximadamente 40 m hacia el poniente de su antigua posición.
También parte de la manzana en la que estaba el Convento de Nuestra Señora de la Limpia Concepción; el río se salió de su curso colonial unos 50 m hacia el oriente en esta manzana. También inundó la plaza de la iglesia de la Cruz del Milagro, que se encontraba al frente y al costado oriental de la ermita; en este lugar se puede apreciar claramente el cambio de nivel y curso del río, ya que este ahora pasa junto a lo que fue la sacristía de la iglesia. El nivel ha subido 2.07 m sobre lo que fue el nivel original de la plaza. Y, finalmente, también inundó la parte posterior del Beaterio y el Hospital de Belén.
En el siglo xxi únicamente existe una calle del lado del barrio de Chipilapa, que bordea el curso del río y va desde la antigua ermita de La Cruz del Milagro, pasando por las ruinas de la Santa Cruz, hasta llegar al puente que se encuentra al sur de Belén.
La ciudad de Antigua Guatemala tiene clima templado (Clasificación de Köppen: Csb).
La época lluviosa ocurre entre los meses de mayo a octubre, con un promedio de entre 1057 y 1600 mm anuales. Esta es la época en que cae el 90% de la precipitación total anual; los meses de junio y septiembre son los de mayor precipitación.
