Η Mikan Sakura μεγάλωσε με τον παππού της στην ύπαιθρο της Ιαπωνίας. Όταν ο καλύτερος φίλος της, Χοτάρου, μετακομίζει σε ένα διάσημο σχολείο στο Τόκιο, η Mikan την ακολουθεί. Το σχολείο είναι πράγματι μια ελίτ Ακαδημία για τους ταλαντούχους ανθρώπους της "Αλίκης", μια ικανότητα που είναι μοναδική ανάλογα με το άτομο. Όταν ο Mikan φτάνει στις πύλες του σχολείου, συναντά μια δασκάλα Alice που ονομάζεται Narumi, εγγραφεί για αυτόν λόγω μιας σειράς εκδηλώσεων και λέει ότι έχει τη σπάνια Alice. Παρά την αρχική ματιά στο λεγόμενο μέγεθος σχολείου, ο Mikan ανακαλύπτει αργά ότι κάτω από τη μεγάλη πρόσοψη της Ακαδημίας βρίσκεται μια ατελείωτη ροή ψεμάτων και κρυφών μυστικών. Οι όλο και πιο χειραγωγικές και απαίσιες δραστηριότητες του σχολείου το καθιστούν επικίνδυνο μέρος. Δεν ξέρει πολύ η Mikan ότι η εγγραφή της στην Alice Academy ξεκίνησε μια προσπάθεια για μια ακόμη μεγαλύτερη τραγωδία.