Το μαργαριτάρι είναι σκληρό υλικό το οποίο παράγεται από τους μαλακούς ιστούς (ιδίως τον μανδύα) ζωντανών μαλακίων με όστρακο. Όταν ένας κόκκος άμμου ή κάποιο παράσιτο, εισχωρήσει στο κοχύλι ενός στρειδιού, τότε το στρείδι ενοχλείται. Το όστρακο, αδυνατώντας να διώξει τον «εισβολέα», παράγει μια λεία σκληρή κρυστάλλινη ουσία το μάργαρο (ανθρακικό ασβέστιο) γύρω από αυτό για να προστατεύσει τον εαυτό του. Όσο ο εισβολέας μένει εκεί, το όστρακο συνεχίζει να παράγει στρώματα αυτής της ουσίας, ώσπου μετά από κάποια χρόνια έχει παγιδευτεί μέσα σε ένα λείο και λαμπερό μαργαριτάρι. Όπως και τα όστρακα, το μαργαριτάρι αποτελείται από ανθρακικό ασβέστιο σε μικροκρυσταλλική μορφή (το οποίο αποκαλείται μάργαρο), το οποίο εναποτίθεται σε ομόκεντρα στρώματα. Το ιδανικό μαργαριτάρι είναι στρογγυλό και απαλά, αν και μπορεί να έχουν και άλλα σχήματα (μαργαριτάρια μπαρόκ). Τα καλύτερης ποιότητας φυσικά μαργαριτάρια χαίρουν μεγάλης αξίας και θεωρούνται πολύτιμοι λίθοι και αντικείμενα για πολλούς αιώνες.
Το πιο πολύτιμα μαργαριτάρια σχηματίζονται αυθόρμητα στη φύση, είναι όμως πολύ σπάνια. Τα άγρια μαργαριτάρια αναφέρονται ως φυσικά μαργαριτάρια. Τα καλλιεργημένα μαργαριτάρια προέρχονται από μαργαριτοφόρα όστρακα, όπως τα στρείδια και τα μύδια.
