Микан Сакура израства с дядо си в провинцията в Япония. Когато най-добрата й приятелка Хотару се премества в престижно училище в Токио, Микан я следва. Училището наистина е елитна академия за талантливите хора на „Алиса“, умение, което е уникално в зависимост от индивидуалното същество. Когато Микан пристига на портите на училището, той среща учител Алис на име Наруми, подписва се заради него от поредица събития и казва, че има рядката Алиса. Въпреки първоначалния поглед върху така наречения размер на училището, Микан бавно открива, че под голямата фасада на Академията се крие безкраен поток от лъжи и скрити тайни. Все по-манипулативните и зловещи дейности на училището го правят опасно място. Не много Микан знае, че записването й в Алис Академия е започнало бягане за още по-голяма трагедия.