Екосистемна структура - разпределението на елементите на конкретна система, която е екосистемата, и взаимовръзките между тези елементи.
Организмите на определени видове се считат за най-малките елементи на системата. Видовете заемат специфични екологични ниши, които се считат за съвкупност от абиотични и биотични фактори, съответстващи на организмите (напр. Междувидови връзки, вътревидна конкуренция, зависимости в стадата). Популациите от различни видове, живеещи в един и същ район, заедно образуват биоценоза, която зависи от местообитанието им, и в същото време го оформят, създавайки биотоп. Системата биоценоза-биотоп има тенденция към кулминация, при която се постига биоценотичен баланс - оптимална структура по отношение на вида на вида и броя и разпространението на техните популации. Една устойчива екосистема се третира като термодинамично затворена система (затворена екологична система). В такава система материята циркулира поради притока на енергия отвън, най-често се приема под формата на слънчева радиация (фотосинтеза). Енергията се отделя по топъл начин.
Структурата на екосистемата постепенно се трансформира.