A Grande Barreira de Corais é habitada por peixes coloridos chamados peixes-palhaço. Um deles chamado Marlin encontra a tragédia. Um peixe predador devora sua esposa Coral e quase todos os ovos dos ovos dos quais os palhaços jovens estavam prestes a eclodir a qualquer dia. Little Nemo, o único filho sobrevivente de Marlin, torna-se o sentido de sua vida. No entanto, quando o pai superprotetor decide mandá-lo para a escola, ocorre outro infortúnio: um pequeno palhaço é pescado no oceano por um mergulhador e vai ao aquário no consultório do dentista em Sydney. Embora Marlin sofra de medo do mar aberto, ele decide salvar seu filho. Ele é acompanhado pela grande esquecida Dora.
