Il colore degli occhi è un tratto poligenico determinato principalmente dalla quantità di melanina e dal tipo di pigmento dell'iride. Gli animali hanno molte variazioni del fenotipo per quanto riguarda il colore degli occhi.
Negli esseri umani, in particolare, queste variazioni sono attribuite dal variare della proporzione di eumelanina prodotta dai melanociti dell'iride. Gli occhi sgargianti di molti tipi di uccelli, sono largamente prodotti da altri pigmenti, come la pteridina, purina e i carotenoidi.Il colore dell'iride è collegato a tre elementi fondamentali contenuti al suo interno : la melanina contenuta nel tessuto epiteliale dell'iride, la melanina contenuta nello stroma dell'iride, e la densità cellulare dello stroma dell'iride. Negli occhi, di ogni colore, nel tessuto epiteliale dell'iride è contenuto un pigmento nero, chiamato eumelanina. La variazione del colore tra le differenti iridi è attribuita alla quantità di melanina contenuta nello stroma dell'iride.
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