È stato inserito nell'elenco dei monumenti nazionali italiani nel 1936 (abrogato nel 2010) e in quello dei patrimoni dell'umanità dell' UNESCO nel 1996.
Nel 2014 è stato il trentesimo sito statale italiano più visitato, con 206.924 visitatori e un introito lordo totale di 518.960 Euro.
L'origine dell' edificio si colloca al 29 gennaio 1240, quando Federico II Hohenstaufen ordinò a Riccardo da Montefuscolo, giustiziere di Capitanata, che venissero predisposti i materiali e tutto il necessario per la costruzione di un castello presso la chiesa di Sancta Maria de Monte (oggi scomparsa). Questa data, tuttavia, non è accettata da tutti gli studiosi: secondo alcuni, infatti, la costruzione del castello in quella data era già giunta alle coperture.Incerta è anche l'attribuzione a un preciso architetto : alcuni riconducono l'opera a Riccardo da Lentini ma molti sostengono che a ideare la costruzione fu lo stesso Federico II. Pare che sia stato costruito sulle rovine di una precedente fortezza prima longobarda e poi normanna. Probabilmente alla morte di Federico II (avvenuta nel 1250) l' edificio non era ancora terminato.
Dai tempi dell' imperatore Federico fino a Giovanna I, regina di Napoli, questa splendida fortezza fu sempre denominata "Castello di Santa Maria del Monte". La prima volta che fu descritto senza l'appellativo "Santa Maria", quindi semplicemente "Castel del Monte" è in un decreto di re Ferdinando d'Aragona, datato dal Castello di Altamura, il 1º dicembre 1463.Fu raramente adibito a feste ; fra queste nel 1246 si ricordano le nozze di Violante, figlia naturale di Federico e Bianca Lancia con il conte di Caserta Riccardo Sanseverino.Castel del Monte fu anche un luogo di carcere. Sotto la giurisdizione di Carlo I infatti vi furono imprigionati, in via del tutto segreta e sotto la custodia del castellano Golardo Saumeri, Corrado Conte di Caserta e i figli piccoli di Manfredi: Enrico, Federico, Enzio.Nel 1528 a causa di una spedizione francese nel Regno di Napoli, Castel del Monte fu devastato e bombardato. L' 8 settembre 1552 fu venduto al Conte di Ruvo, Don Fabrizio Carafa, al prezzo di 100.000 Ducati.
