Il film racconta la storia di quattro commandos pinguino - un eccentrico stratega Kowalski, uno specialista negli esplosivi compiti di Rico, il più giovane e il più basso dei Serial e il leader del gruppo Skipper. I pinguini combattono l'organizzazione segreta del Vento del Nord, composta dall'agente polare Utajnioniego, dal detonatore groenlandese, dall'orso muscoloso Kapral e dall'aquila Snowflake Eve, per affrontarli con il malvagio dottore Oktawiusz Mackiewiczowi, che si rivela essere un cattivo polpo Dave e vuole distruggere i pinguini di tutto il mondo.
